マーケットプレイスからプラグインをインストールすると、それ以降に新しいプロジェクトを作った時は、自動的に有効になるようです。
それで不要なプロジェクトでも有効になってしまっていて、気づかずにプラグイン未対応のバージョンにアップデートすると警告が出てきました。
未対応だとプラグインマネージャーにも出てこないので、警告を消すにはuprojectファイルを編集するしかなさそうでした。
たまにしか使わないプラグインは、標準でオフにしておきたいのですが、それが出来るような設定項目などはないでしょうか?